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RNA-seq解析のご案内

Published on 07/09/2023 16:40
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サンプル品質が十分でない場合、解析の中断・納期の遅延などの可能性があります。
各項目をよくお読みいただき、十分に注意してサンプル調製を実施いただくようお願いいたします。

提出サンプル種別ごとの要件の概要

抽出済みTotal RNAでご送付の場合

アプリケーション RNA濃度 液量 総量 推奨RIN
RNA-seq(真核生物 polyA選択法) 50 ng/µL 以上 20 µL以上 1 µg
以上
7 以上
RNA-seq(真核生物 rRNA除去法) 50 ng/µL 以上 20 µL以上 1 µg
以上
7 以上
RNA-seq(真核生物 グロビン除去法) 50 ng/µL 以上 20 µL以上 1 µg
以上
7 以上
RNA-seq(原核生物 rRNA除去法) 50 ng/µL 以上 20 µL以上 2 µg
以上
7 以上
RNA-seq(真核生物 分解・FFPE用プラン) 10 ng/µL 以上 20 µL以上 300 ng
以上

(※DV200値が70%以上を推奨)
微量 RNA-seq(真核生物 polyA選択法) 0.2 ng/µL 以上 10 µL以上 4 ng
以上
7 以上
RIP-seq 3 ng/µL 以上 20 µL以上 100 ng 以上
Small RNA-seq (total RNAをご提出の場合) 50 ng/µL 以上 20 µL以上 2 µg
以上
7 以上
Small RNA-seq (エクソソーム由来のRNAをご提出の場合) 20 µL以上 20 ng
以上

※RNAの推奨純度はOD260/280 ≧ 1.8、OD260/230 ≧ 1.0となっております。

弊社にRNA抽出からご依頼の場合

組織

細胞

臨床検体

その他

サンプル品質に関する注意事項

  • 定量はQubitなどのRNA特異的蛍光色素を用いた方法を推奨いたします。
    Nanodrop等吸光度で測定された値の場合、DNAや遊離核酸の値が測定値に含まれることでRNA濃度が高く見積もられ、品質確認(QC)やライブラリー調製に影響を与える可能性があります。

  • RNA濃度が要件より低い場合はエタノール沈殿などで濃縮し、要件を満たす濃度に調整してお送りください。

  • DNAの残留があると解析に影響を及ぼす場合がありますので、DNase処理の実施を推奨いたします。

  • 比較するサンプルは必ず同じ方法で調製してください。

  • タンパク質や有機溶媒等が混入しないようお願いいたします。

  • サンプルはRNase free waterへの溶解を推奨いたします。低濃度のEDTAの場合、TEバッファーもご使用可能です。また、ラボで調製されたDEPC水は推奨しておりません (品質にばらつきのある可能性があるため)。

  • 電気泳動またはBioAnalyzer/Tapestationなどでの測定により、サンプルの分解がないことと、DNAの混入がないことをご確認いただくことを推奨いたします。また、18S及び28Sのピーク(バンド)が明瞭で、18Sより小分子側に大きなピークがないこと、28Sの前後に不明なピークがないことをご確認ください。

  • シーケンス前にQCを行い、結果をご報告いたします。クオリティが要件を満たさない場合には、再度サンプルのご送付をお願いする場合があります。

  • QC後受入基準値に満たない場合は、サンプルの再送付や再精製、DNase処理(有償)をご提案する場合があります。

  • QCが3回以上になる場合は追加料金が発生することがあります。

サンプル送付に関する注意事項と送付先

  • こちらのリンクにある注意をよくお読みの上、サンプル送付のご準備をお願いいたします。

  • 臨床検体の送付につきましては、こちらのリンクに記載の手順に従ってご準備をお願いいたします。

その他注意事項 (必ずお読みください)

お問合せ先

株式会社Rhelixa 受託事業部
customer-service@rhelixa.com
TEL: 03-6272-3115