ゲノム解析(WGS, WES)のご案内
Published on 07/09/2023 16:38
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サンプル品質が十分でない場合、解析の中断・納期の遅延などの可能性があります。
各項目をよくお読みいただき、十分に注意してサンプル調製を実施いただくようお願いいたします。
【重要】液量要件の厳守のお願い
ご提出いただくサンプルの一部は品質確認に使用するため、必ず要件に記載の液量を確保のうえでご送付ください。
液量不足の場合、品質確認の結果サンプルの再送が必要となり納期の遅延が発生する可能性がありますので、ご注意ください。
【重要】1.5mLチューブでのご提出をお願いします。
1.5mLチューブ以外でのご提出は作業の遅延や別途移し替えに伴う作業費用をいただくことがございます。
あらかじめご了承のほどお願い申し上げます。
サンプル送付方法の詳細は以下をご確認ください。
サンプル送付方法
提出サンプル種別ごとの要件の概要
抽出済みゲノムDNAでご送付の場合
| アプリケーション | DNA濃度 | 液量 | 総量 |
|---|---|---|---|
| WGS(PCRフリー) | 50 ng/µL 以上 | 20 µL以上 | 2 µg 以上 |
| WGS(PCRあり) | 20 ng/µL 以上 | 20 µL以上 | 500 ng 以上 |
| WES(ヒト・マウス) | 20 ng/µL 以上 | 20 µL以上 | 800 ng 以上 |
※DNAの推奨純度はOD260/OD280 ≧ 1.8、OD260/OD230 ≧ 1.0となっております。
弊社ではDNAの品質確認をゲル電気泳動、もしくはTapeStationで実施します。ゲル電気泳動の場合、gDNAのバンドが明瞭に確認できること、gDNAの劣化が少ないこと、夾雑物のコンタミネーションがないことを要件としております。TapeStationの場合、DIN値が7以上あることを要件としております。
弊社にDNA抽出からご依頼の場合
組織
細胞
臨床検体
その他
サンプル品質に関する注意事項
- 定量はQubitなどのDNA特異的蛍光色素を用いた方法を推奨いたします。
Nanodrop等吸光度で測定された値の場合、RNAや遊離核酸の値が測定値に含まれることでDNA濃度が高く見積もられ、品質確認(QC)やライブラリー調製に影響を与える可能性があります。 - DNA濃度が要件より低い場合はエタノール沈殿などで濃縮し、要件を満たす濃度に調整してお送りください。
- RNAの残留があると解析に影響を及ぼす場合がありますので、RNase処理の実施を推奨いたします。
- 比較するサンプルは必ず同じ方法で調製してください。
- タンパク質や有機溶媒等が混入しないようお願いいたします。
- サンプルはNuclease free waterへの溶解を推奨いたします。
EDTAが低濃度(0.1 mM以下)のTEバッファーはご使用可能です。DEPC水は推奨しておりません 。
キットバッファーの組成が不明の場合は製造元へご確認ください。 - 電気泳動またはBioAnalyzer/Tapestationなどでの測定により、サンプルの分解がないことと、RNAの混入がないことをご確認いただくことを推奨いたします。
- シーケンス前にQCを行い、結果をご報告いたします。クオリティが要件を満たさない場合には、再度サンプルのご送付をお願いする場合があります。
- QC後受入基準値に満たない場合は、サンプルの再送付や再精製、RNase処理(有償)をご提案する場合があります。
- QCが3回以上になる場合は追加料金が発生することがあります。
サンプル送付に関する注意事項と送付先
その他注意事項 (必ずお読みください)
- 弊社にご委託頂く際は、こちらのリンクにある注意をよくお読みください。
お問合せ先
株式会社Rhelixa 研究支援事業本部
TEL: 03-6272-3115
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