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ロングリードシーケンス解析のご案内

Published on 07/09/2023 16:39
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サンプル品質が十分でない場合、解析の中断・納期の遅延などの可能性があります。各項目をよくお読みいただき、十分に注意してサンプル調製を実施いただくようお願いいたします。

【重要】液量要件の厳守のお願い

ご提出いただくサンプルの一部は品質確認に使用するため、必ず要件に記載の液量を確保のうえでご送付ください。

液量不足の場合、品質確認の結果サンプルの再送が必要となり納期の遅延が発生する可能性がありますので、ご注意ください。

【重要】1.5mLチューブでのご提出をお願いします。
1.5mLチューブ以外でのご提出は作業の遅延や別途移し替えに伴う作業費用をいただくことがございます。

あらかじめご了承のほどお願い申し上げます。

サンプル送付方法の詳細は以下をご確認ください。
サンプル送付方法

ロングリードシーケンス解析の場合、ご案内しているデータ量についてはあくまでも目安であり、サンプルQCがPASSの場合でもデータ量の保証はいたしかねますのでご了承ください。

要件

抽出済みゲノムDNAサンプル要件

海洋生物・水生生物由来のサンプルについては、Nanopore PromethIONによるシーケンスはお受けできません。

シーケンサー ライブラリータイプ サンプルタイプ DNA濃度 液量 総量
PacBio Revio Hifiライブラリー 動物・植物 40 ng/µL以上 90 µL以上 10 µg 以上
PacBio Revio Hifiライブラリー 微生物 40 ng/µL以上 90 µL以上 6 µg 以上
Oxford Nanopore Technologies PromethION Nanoporeライブラリー 動物・植物 100 ng/µL以上 50 µL以上 8 µg 以上
Oxford Nanopore Technologies PromethION Nanoporeライブラリー 菌類・細菌 60 ng/µL以上 50 µL以上 6 µg 以上

※DNAの推奨純度は

  • OD260/OD280 = 1.8 ~ 2.0
  • OD260/OD230 = 1.5 ~ 2.6
  • Nc/Qc = 0.95 ~ 3.00
    （Nc; Nanodropなどの吸光度による濃度測定結果、Qc; Qubitなどの蛍光強度による濃度測定結果）

※可能であれば事前に、高分子DNA用の電気泳動あるいはBioAnalyzer/Tapestationなどでの測定で25 kb以上にバンドが見えていることやサンプルの分解がないことをご確認いただくことを推奨いたします。

PacBio Revio につきましては、1サンプルから1ラン分のライブラリーを調製する場合の要件となります。1サンプルから複数ランのライブラリーの調製をご希望の場合は、事前にご相談ください。

抽出済みtotal RNAサンプル要件

シーケンサー ライブラリータイプ サンプルタイプ RNA濃度 液量 総量 推奨RIN
PacBio Revio Hifiライブラリー 共通 40 ng/µL以上 30 µL以上 2.4 µg 以上 7以上

※RNAの推奨純度は

  • OD260/OD280 = 1.8 ~ 2.2
  • OD260/OD230 = 1.5 ~ 2.5
  • Nc/Qc < 2
    （Nc; Nanodropなどの吸光度による濃度測定結果、Qc; Qubitなどの蛍光強度による濃度測定結果）

弊社に核酸抽出からご依頼の場合

ゲノムDNA

total RNA

サンプル品質に関する注意事項

ゲノムDNA

  • DNA調製には高分子DNA調製用のキットなどをご使用ください。
    一般的なDNA抽出キットについては、シリカベースのスピンカラムを通過する際にDNAが断片化されるため、推奨されていません。

  • DNA断片化を最小限に抑えるため、DNA抽出後は凍結融解の繰り返しを極力避けるようお願いいたします。

  • PromethIONによるシーケンスの際は、最大リード長は約40 kbとなります。

  • RNAの残留があると解析に影響を及ぼす場合がありますので、RNase処理の実施を推奨いたします。

  • タンパク質や有機溶媒等が混入しないようお願いいたします。

  • サンプルはNuclease free waterへの溶解を推奨いたします。
    EDTAが低濃度(0.1 mM以下)のTEバッファーはご使用可能です。DEPC水は推奨しておりません 。
    キットバッファーの組成が不明の場合は製造元へご確認ください。

  • シーケンス前に品質確認（QC）を行い、結果をご報告いたします。クオリティが要件を満たさない場合には、サンプルの再送付や再精製、RNase処理（有償）をご提案する場合があります。

  • QCが3回以上になる場合は追加料金が発生することがあります。

total RNA

  • RNAの劣化を最小限に抑えるため、RNA抽出後は凍結融解の繰り返しを極力避けるようお願いいたします。

  • DNAの残留があると解析に影響を及ぼす場合がありますので、DNase処理の実施を推奨いたします。

  • タンパク質や有機溶媒等が混入しないようお願いいたします。

  • サンプルはNuclease free waterへの溶解を推奨いたします。
    EDTAが低濃度(0.1 mM以下)のTEバッファーはご使用可能です。DEPC水は推奨しておりません 。
    キットバッファーの組成が不明の場合は製造元へご確認ください。

  • シーケンス前に品質確認（QC）を行い、結果をご報告いたします。クオリティが要件を満たさない場合には、サンプルの再送付をご提案する場合があります。

  • QCが3回以上になる場合は追加料金が発生することがあります。

サンプル送付に関する注意事項と送付先

  • こちらのリンクにある注意をよくお読みの上、サンプル送付のご準備をお願いいたします。

  • 臨床検体の送付につきましては、こちらのリンクに記載の手順に従ってご準備をお願いいたします。

その他注意事項 (必ずお読みください)

お問合せ先

株式会社Rhelixa 研究支援事業本部

service-support@rhelixa.com

TEL: 03-6272-3115

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