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ATAC-seq解析のご案内

Published on 07/09/2023 16:39
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サンプル品質が十分でない場合、解析の中断・納期の遅延などの可能性があります。
各項目をよくお読みいただき、十分に注意してサンプル調製を実施いただくようお願いいたします。

提出サンプル種別ごとの要件の概要

凍結細胞でご送付の場合

要件 備考
細胞数 5.0×10^4 〜2.0×10^5 cells /チューブ ※ 全チューブの細胞数を統一してください
※ 細胞数については左の数値の範囲内でご調整をお願いします
※ 細胞数が左の要件を下回るサンプルは必ず事前にご相談ください
チューブ本数 1サンプルあたり本番1本+バックアップ2本以上(計3チューブ以上) ※ チューブごとの細胞数をサンプルフォームにご記載ください
培地 1 mL x 送付チューブ本数 ※ DMEM以外をご希望の場合のみ、ご準備ください

1. 全チューブの細胞数を統⼀してください
 お送り頂いたクライオバイアル内の細胞全量を使⽤します。安定したライブラリー調製のために、
 要件内の細胞数にて統⼀を推奨致します。細胞数の調整はいたしませんのでご了承ください。
 
2. 細胞の融解時に培地を使⽤します
 培地にて凍結保存溶液を希釈し、遠⼼して除去します。
 *弊社ではDMEMを取り扱っております。
  DMEMでの操作が影響を及ぼす可能性がある場合、細胞に適した培地をお送りください。
 
3. 事前に⽣存率をご確認ください
 送付前に凍結融解後の⽣存率のチェックをお願いいたします。
 実験に使⽤する細胞は、凍結融解後の⽣存率が80%以上を推奨しております。
 *弊社での細胞⽣存率計測の結果が、事前確認により設定して頂いた基準を下回る場合、
 実験を中⽌する場合がございます。
 ⽣存率の低いサンプルにつきましてはデータ品質の保証はできませんので、あらかじめご了承ください。
 
4. 細胞の培養は⾏いません
 弊社では、お送り頂いた細胞の培養操作は⾏いません。培地は凍結保存溶液の除去のみに使⽤致します。

その他

細胞の凍結保存方法

  • 細胞の培地を取り除き、PBSで洗います。

  • トリプシン処理を⾏い細胞を剥がし単⼀細胞にした後、培地を添加しトリプシンを不活性化します。

  • 遠⼼分離をして余分な培地を取り除き、細胞ペレットに適量の新鮮な凍結保存培地を加え再懸濁します。

  • お使いの凍結保存培地のプロトコルに従って凍結を⾏います。

  • チューブは細胞凍結⽤のスクリューキャップのものを使⽤ください。
    スナップキャップの場合はパラフィルムでの保護をお願いいたします。

凍結細胞サンプルに関する注意事項

  • 培養細胞の⽣細胞のみ受け付けております。細胞の固定は⾏わないでください。
    弊社で⽤いるATAC-seqプロトコルは固定なし⽣細胞を使⽤いたします。

  • 細胞凍結には細胞凍結保存試薬を⽤いてください。

  • ⽐較するサンプルは必ず同じ⽅法で凍結をお願いいたします。

  • 凍結/解凍⽅法が特殊なサンプルに関しては必ず事前にご相談ください。
    弊社での確認⽤に同じcell lineの凍結細胞を1チューブお送りいただく場合がございます。

  • ⽣細胞数が要件を満たさない場合には、再度サンプルのご送付をお願いする場合があります。

  • タンパク質や有機溶媒等が混⼊しない様にお願いいたします。
    酵素活性を阻害する夾雑物の混⼊等により、通常プロトコルにおいてTn5によるタグメンテーションが機能しない場合がございます。

  • 受領した細胞サンプルが当該要件を満たしていないことにより、通常プロトコル通りに実験してもライブラリーが調製できなかった場合は、それまでの実作業分の費⽤をいただくことがございます。

  • ご不明点は送付前にお問い合わせください。

サンプル送付に関する注意事項と送付先

  • こちらのリンクにある注意をよくお読みの上、サンプル送付のご準備をお願いいたします。

  • 臨床検体の送付につきましては、こちらのリンクに記載の手順に従ってご準備をお願いいたします。

その他注意事項 (必ずお読みください)

お問合せ先

株式会社Rhelixa 受託事業部
customer-service@rhelixa.com
TEL: 03-6272-3115